Un peu de "préhistoire": la Réforme se répandit en Chablais dès le XVIème siècle, il ne pouvait guère en être autrement, aux portes de Genève, où oeuvrait Calvin.
Elle devint majoritaire sous Inoccupation bernoise (1536-1564), et d'ailleurs le culte catholique fut interdit par ces MM. de Genève, qui avaient appelé Berne au secours. Lorsque Berne rétrocéda le Chablais au duc de Savoie Emmanuel-Philibert, le duc donna l'assurance qu'il maintiendrait la liberté du culte réformé.
François de Sales fut chargé par Charles-Emmanuel, fils et successeur du duc Emmanuel-Philibert, de prêcher aux Chablaisiens le retour dans le giron de l'église catholique.
Ses prédications eurent lieu principalement à Thonon, passé à la Réforme, et où le prélat et futur saint dit la messe pour la première fois depuis de nombreuses années à Noël 1596, et également à Annemasse qui, elle, était restée catholique: ce furent les "Quarante Heures d'Annemasse", en 1597, une "mission" pour laquelle on éleva une croix qui devait être aperçue jusqu'à Genève...
De son propre aveu, François de Sales n'obtint pas grand succès, et en 1598, la liberté de culte fut abolie par Charles-Emmanuel. Les Réformés eurent le choix entre l'abjuration ou l'exil. Les temples réformés, comme celui de Ville-la-Grand disparurent. Les Eglises Réformées du Chablais s'éteignirent pour longtemps.
L'histoire de la Réforme en Chablais reprend au milieu du XIXe siècle, avant et après l'Annexion. Elle touche des populations nouvelles, venues en particulier de Suisse et de France intérieure, et elle bénéficie du renouveau du protestantisme français au XIXème siècle.
Annemasse grandit, et dépasse ses voisines et rivales, grâce surtout à la venue de la voie ferrée et à l'établissement d'une gare importante du "Paris-Lyon". Il n'y avait pas encore beaucoup de protestants:
"Pensez qu'en 1882, je crois, lorsque papa est venu s'établir à Annemasse, il n'y avait que trois familles protestantes: le père Martin, un marchand de sel, la famille Senglet, venue de Chêne-Bougeries, et nous, que M. Noyer, pasteur à Annecy, venait visiter un dimanche après-midi sur deux."
extrait d'une lettre de Mlle Astier, directrice d'école
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